Одно время думали, что скорпионы произошли от эвриптерид, таких как Pterygotus, чьи хелицеры были длинными мощными клешнями. На самом деле хелицеры скорпионов короткие и невыразительные, а их клешни, будучи первой парой ходильных ног, увеличены и изменены. Шестая пара конечностей никогда не имеет веслоподобного расширения, как это присуще большинству эвритерид. Тельсон скорпиона стал чем-то вроде гиподермальной иглы, способной вспрыснуть яд, выделяемый крупной железой у его основания. Органы дыхания представлены легкими, забирающими кислород из воздуха, а не из воды.

Эти черты строения указывают на то, что скорпионы являются "племянниками и племянницами” эвриптерид, а не прямыми потомками. Скорпионы весьма древняя группа, так как их полностью развитые экземпляры обнаружены в позднесилурийских породах Нью-Йорка и Швеции. Особенно великолепные экземпляры происходят из каменноугольных отложений Mazon Creek, округ Гранди, Иллинойс.

Скорпионы были более разнообразными в прошлом. В течение силура, девона и карбона у скорпионов наблюдается наибольшее число типов строения. Только одна их этих групп дала начало всем современным скорпионам.